非转基因大豆油和转基因大豆油最明显的区别在于原料不同。转基因大豆油是利用分子生物学技术，将某些生物的基因转移到大豆中去，改造生物的遗传物质，使大豆在性状、营养品质和消费品质方面向人类所需要的目标转变，以转基因大豆提炼而来的食用油就是转基因大豆油。而非转基因大豆油是指用纯天然大豆加工而成的一种大豆油，它的产地一般是我国东北地区。
非转基因和转基因大豆油另一个区别是安全性。转基因大豆油基因在转入过程中，由于不可预见的基因突变，可能会转化为会对人体产生危害的有毒蛋白质等诸多因素，虽然这个说法目前还没有定论，不过人们为了自身的安全一般会选用非转基因大豆油。非转基因大豆油就是人们千百年来一直食用的大豆油，经历史验证是安全的，可以放心食用。
非转基因和转基因大豆油最直观的区别是价格不同。一般来说，一桶5升装的非转基因大豆油，相比转基因大豆油的价格大约贵10元左右。
