窝沟封闭能够防止牙齿受到细菌或者代谢产物寝室而出现龋齿，可以说是最有效的防止龋齿方法。但是窝沟封闭后也有可能会龋齿的发病率更高。因为窝沟封闭最重要的环节是粘结，粘结效果的好坏取决于医生在操作过程中隔湿的好坏。如果隔湿效果做不好，粘结力差的话窝沟封闭剂就容易脱落。窝沟封闭剂一旦脱落，龋齿的发病率比不做窝沟封闭的儿童还要高。
另外，窝沟封闭还有可能导致颞下颌关节病的发病率增高。窝沟封闭后，医生需要对封闭剂进行调磨，去除咬合高点。青少年颞下颌关节病人做过窝沟封闭，但是由于窝沟封闭剂明显高出于咬合面，形成咬合支点，时间长了以后，儿童可复性关节盘前移位症状出现了，开闭口过程中出现了弹响，甚至头痛，孩子会很痛苦。
